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白色至浅棕黄色无定形粉末，有一定吸湿性，或为液体。溶于水和甘油，水溶液无色至淡黄争，有时呈乳白色，几乎不溶于乙醇、氯仿和*等有机溶剂。由木瓜制得的商品酶制剂中，含有如下三种酶：(1)木瓜蛋白酶，分子量21000，约占可溶性蛋白质的l0%；(2)木瓜凝乳蛋白酶，分子量36000，约占可溶性蛋白质的45%；(3)溶菌酶，分子量25000，约占可溶性蛋白质的20%。其主要作用是对蛋白质有极强的加水分解能力。最适作用温度为65℃，最适作用pH值为5.0～7.0，在中性或偏碱性时亦有作用，耐热性强，可在50～60℃时使用。90℃时不会完全失活。等电点pH8.75。用途酶制剂。主要用于啤酒抗寒(水解啤酒中的蛋白质，避免冷藏后引起的浑浊)、肉类软化(水解肌肉蛋白和胶原蛋白，使肉类嫩化)、谷类预煮的准备、水解蛋白质的生产。在啤酒抗寒和肉类软化方面的应用，远比其他蛋白酶类广泛。用量一般为1～4mChemicalbookg/kg。用途木瓜蛋白酶广泛用于肉类嫩化，也可作为啤酒的澄清剂使用。我国规定可用于饼干、肉禽制品水解和动、植物蛋白，按生产需要适量使用。用途用于医药、食品工业及化妆品添加剂用途生化研究用途酶制剂，木瓜蛋白酶广泛用于肉类嫩化，也可作为啤酒的澄清剂使用。用途一种重要的半胱氨酸蛋白酶，用于多肽合成。用于生产抗体的Fab片段；由于对某些组织很少损伤，所以也用于细胞裂解。裂解氨基酸（leucine,orglycine）。用途木瓜蛋白酶能够将纤维蛋白酶原激活成为纤维蛋白溶酶。它只作用于坏死组织，溶解病灶内的纤维蛋白、血凝块和坏死物质。清洁创面，助长新生肉芽，促进排脓排液。加速伤口愈合。木瓜蛋白酶常用于治疗水肿，炎症以及驱虫（线虫）等疾病。但是用药后有轻度皮肤炎和局部出血、疼痛感。反复使用可引起过敏反应。严重肝肾病患者慎用，血凝机能不全及全身感染病人忌用，忌同抗凝剂配伍。口服，每次1～2单位。